В современном виде Департамент можно назвать мозговым центром всей системы здравоохранения Алматы. Коллектив учреждения небольшой, около 40 человек, но это не мешает ему осуществлять качественное и тесное взаимодействие с руководством всех медицинских организаций региона и специалистами. Таким образом практически реализуется госполитика, направленная на охрану здоровья людей.
Рабочим органом Департамента здравоохранения Алматы является коллегия. Ее члены принимают постановления, которые впоследствии реализуются ведомством. Процесс идет в форме голосования. Структуру департамента составляют отделы, среди которых подразделение внедрения обязательного медстрахования, материально-технического снабжения, лекарственного обеспечения. Есть отдел кадров, бухгалтерского учета, общий отдел.
В рамках деятельности департамента здравоохранения и реструктуризации открываются семейные врачебные амбулатории, в поликлиниках, диспансерах, больницах и роддомах начинают функционировать новые отделения, внедряются услуги, предоставляемые на коммерческой основе.